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1、細菌污染 

細菌污染也會導致脫鹽率降低、系統壓降明顯增加、系統產水量明顯降低，這個時候可以用：PH值10,2%三聚磷酸鈉溶液，0.8%EDTA四鈉（嚴重時更換為0.25%的Na-DDBS),在40℃的溫度下清洗；有時也可以用0.1%NaOH和0.03%SDS，PH=11.5溶液清洗。

2、碳酸鈣垢

在阻垢劑添加系統出現故障時或加酸系統出現而導致給水PH升高，那么碳酸鈣就有可能沉積，應盡早發現碳酸鈣垢沉淀的發生，以防止生長的晶體對反滲透膜表面產生損傷。可以用降低給水PH至3.0～5.0之間運行1～2小時的方法去除。

3、硫酸鈣垢

當反滲透膜產生硫酸鈣垢時，一般特征為：脫鹽率明顯降低、系統壓降稍有或適度增加以及系統產水量稍有降低。清洗方法可以是：PH值10,2%三聚磷酸鈉溶液，0.8%EDTA四鈉（嚴重時更換為0.25%的Na-DDBS)在40℃溫度的溫度下對膜進行清洗，有時也可用PH小于10的NaOH水溶液清洗。

4、金屬氧化物垢

可以使用上面所述的去除碳酸鈣垢的方法，很容易地去除沉積下來的氫氧化物，可以用，氨水調PH值4,2%的檸檬酸溶液，在40C溫度下清洗，有時也可以用PH2-3（0.5%）的鹽酸水溶液清洗。

5、無機鹽沉淀物污染

其他無機鹽的沉淀物，可以用以下方法清洗： 2%檸檬酸溶液，氨水調PH值4，溫度40C，也可用PH2-3（0.5%）的鹽酸水溶液清洗。

6、有機沉積物

有機沉積物(例如微生物粘泥或霉斑)的去除可以用：PH值10,2%三聚磷酸鈉溶液，0.8%EDTA四鈉（嚴重時更換為0.25%的Na-DDBS),溫度40C清洗。為了防止再繁殖可使用經認可的殺菌溶液在系統中循環、浸泡，一般需較長時間浸泡才能有效。